Inicialmente 13 peceras de pequeños volúmenes propiciaban a los primeros visitantes del Acuario tener la posibilidad de ver e interrelacionarse con peces e invertebrados marinos vivos. A partir de ese momento comenzó el incremento en peceras y estanques lográndose mayores capacidades y con ello una mayor exhibición de la flora y la fauna marina tropical.

En 1973 llega al Acuario el primer mamífero marino, un lobo marino Artocephalus pusillus bautizado con el nombre de "Silvia", éste se convirtió en el animal más popular y atractivo de la institución y marcó la pauta en el manejo de mamíferos marinos en el Acuario.

En Febrero del 2000 se inauguran los primeros objetos de obras de la ampliación del Acuario: la Plaza de los Delfines y la Isla Tropical, entre otros. El 14 de enero del 2002 concluye la primera etapa, siendo inauguradas las obras, por el Comandante en Jefe Fidel Castro Ruz, Primer Secretario del Comité Central del Partido Comunista de Cuba.

Delfinario: Con capacidad para 1200 espectadores y demostraciones hasta con 8 delfines entrenados trabajando simultáneamente.

Lobario: Para demostraciones con lobos marinos y capacidad para 1000 espectadores.

Exhibiciones de Pinnípedos: Para exhibiciones de lobos marinos en logrados hábitat naturales.

Exhibiciones subacuática de delfines con demostraciones armónicas entre estos y sus entrenadores. Incluye Restaurante especializado para 120 comensales.

Área de apoyo tecnológico y para el trabajo de los especialistas vinculados a los mamíferos marinos.

Áreas de esparcimiento y comerciales.